Sohn des Darmstädtischen Hoforgelbauers Johann Conrad W., der früh starb. Die Witwe Anna Maria W., geb. Stamm, führte durch Einheirat mit dem Gesellen Johann Christian Köhler die Werkstatt weiter, der den Stiefsohn zum Orgelbauer ausbildete und ihm 1756 in Ffm. den Lehrbrief ausstellte. Nach dem Tod Köhlers 1761 übernahm Philipp Ernst W. die Leitung der Werkstatt. 1762 erhielt er das Ffter Bürgerrecht und heiratete im gleichen Jahr. Um 1774 verließ W. aus unbekannten Gründen seine Familie und die „W.ische“ Werkstatt, um eigene Wege zu gehen. Am 26.7.1778 kam er auf dem Schiff Springfield bei der Überfahrt nach New York mit hessischen Rekruten als Freiwilliger oder Auswanderer ums Leben.
Von 1762 bis 1774 wurden etwa zwölf Orgelwerke unter W.s Leitung gebaut: Mainz, Welschnonnenkirche, II/20 (1763; in Jugenheim verändert erhalten); Ffm., Liebfrauenkirche, II/20 (1764, wobei W. die alte Orgel nach Schwanheim versetzte; nicht erhalten); Messel, Evangelische Kirche, I/14 (1764; erhalten); Fulda, Franziskanerkirche Frauenberg (1765; Gehäuse erhalten); Götzenhain, Evangelische Kirche, I/12 (1766; verändert erhalten); Lauterbach, Stadtkirche, II/24 (1771; Gehäuse erhalten); Groß-Eichen, Evangelische Kirche, I/11 (1771; erhalten); Gräfenhausen, Evangelische Kirche, I/12 (1771; erhalten); Mainz, St. Christoph, II/26 (1772/74; nicht erhalten).
Nach seinem Ausscheiden führte seine Frau Maria Magdalena W., geb. Friess († 1810), mit dem seit fast 30 Jahren im Betrieb beschäftigten Obergesellen Johann Friedrich Meynecke als Werkmeister die „W.ische Werkstatt“ von 1774 bis nach 1783 erfolgreich fort mit Neubauten in: Erzhausen, Evangelische Kirche, I/10 (1774; Gehäuse erhalten); Götzenhain (Erweiterung nach Kircheneinsturz, 1774/77); Bobenhausen II, St. Gangolf, II/21 (1775; erhalten); Stockhausen, Evangelische Kirche, I/13 (1775; Gehäuse in Ersrode erhalten); Hopfmannsfeld (von Meynecke vollendet, 1776; nicht erhalten); Heisters, Evangelische Kirche, I/10 (1778; erhalten); Wallenrod, Evangelische Kirche (1780; Gehäuse erhalten); Bornheim, St. Johannes, I/16 (1780; Gehäuse erhalten); Sulzbach/Ts., Evangelische Kirche, I/18 (1781; verändert erhalten); Langenhain, I/12 (1781; Gehäuse erhalten); Schotten, Evangelische Stadtkirche, II/27 (unter Verwendung einer Orgel aus der Katharinenkirche in Ffm., 1782; Gehäuse erhalten); Nieder-Erlenbach, Evangelische Kirche, I/13 (1783; teilweise erhalten); Ulrichstein (undatiert; Gehäuse erhalten). Später übernahm der Sohn Johann Benedikt Ernst W., der bei W.s Weggang noch ein Kind war, die Werkstatt.
(Die römische Ziffer gibt die Zahl der Manuale, die arabische nach dem Schrägstrich die Zahl der Register an.)