Sohn von Philipp Ernst W. und dessen Ehefrau Maria Magdalena, geb. Friess († 1810).
Beim Weggang des Vaters um 1774 besuchte W. noch die Schule. Etwa 1780 begann er seine Orgelbaulehre unter dem Werkleiter Johann Friedrich Meynecke. Er setzte die Werkstatt mit Schwerpunkt Instrumentenbau fort, weil der Orgelbau um 1790 praktisch zum Erliegen kam. 1791 signierte er ein Hammerklavier noch ohne Opus-Nr., 1796 baute er bereits die Nr. 48. Im selben Jahr (1796) schwor er den Ffter Bürgereid. Die Gesamtzahl der für den bürgerlichen Markt produzierten Klaviere ist unbekannt.
Neben verschiedenen Reparaturen zwischen 1791 und 1827 an Orgeln in Ffm. und Umgebung ist nur ein Neubau bekannt: 1826 für die Hospitalkirche (I Manual/16 Register) in Ffm., der später (1846) in die Alte Nikolaikirche transferiert wurde, aber nicht erhalten ist.
Johann Benedikt W. blieb unverheiratet und kinderlos. Seine Schwester Maria Anna W. (1764-1802) heiratete 1788 den Ffter Organisten Johannes Ebert. Ihre Söhne Johann (1790-1860) und Georg Christoph Ebert (1797-1871) wurden von dem Onkel Johann Benedikt zu Orgelbauern ausgebildet und führten die Werkstatt als „Gebrüder Ebert“ weiter. Von ihnen sind nur Reparaturen und keine Orgelneubauten bekannt.