Studien bei Nägeli und Gersbach in Zürich (1810-11) sowie bei Beethoven und Kienlen in Wien (1811-12). Seit 1816 wirkte Sch. als Musiklehrer bei Pestalozzi in Iferten (Yverdon) und knüpfte von hier aus persönliche Beziehungen nach Ffm., u. a. zur Familie de Bary. Im Herbst 1817 ließ er sich als Musikpädagoge und Komponist in Ffm. nieder. Am 18.1.1822 wurde seine 1. Sinfonie A-Dur in Ffm. aufgeführt; es folgten die Uraufführungen seiner 1827 komponierten und Schelble gewidmeten Zauberoper „Fortunat” am Ffter Theater (2.10.1831) sowie seiner 2. Sinfonie c-Moll („Erinnerung an Haydn”; 20.10.1837) durch das „Museum” in Ffm. Sch. beteiligte sich rege am Leben der Ffter musikalischen Vereine und Gesellschaften, u. a. des Cäcilien-Vereins, des „Museums” (der späteren Museums-Gesellschaft), des Instrumentalvereins sowie später des Rühl’schen Gesangvereins, dessen Mitbegründer er war. Besonders aber förderte er den 1828 gegründeten Ffter Liederkranz, dessen Festausschuss ihn auf Anregung von Wilhelm Speyer zum Präsidenten des Festkomitees des ersten Deutschen Sängerfests 1838 in Ffm. ernannte. Anlässlich des Sängerfests wurde Sch.s Oratorium „Zeit und Ewigkeit” mit über 1.000 Mitwirkenden uraufgeführt (29.7.1838). Als Festpräsident gehörte Sch. auch zu den Begründern der Mozart-Stiftung. Nach einem Aufenthalt in Luzern und Zürich (1844-49) kehrte Sch. nach Ffm. zurück. Hier fand am 18.1.1850 die erste nachweisbare Aufführung seiner 3. Sinfonie B-Dur („Symphonie militaire”) statt. Bekannt war Sch. auch für seine Konzerte auf der Glasharmonika.
Vorstandsmitglied des Physikalischen Vereins. Gründungsmitglied (1840) und Namensgeber der „Gesellschaft der Tutti Frutti”, in der er den Namen „Tannenzapfen” führte. Ehrenmitglied des „Museums” und des Liederkranzes sowie weiterer musikalischer Gesellschaften.
Weitere Kompositionen, u. a. „Heimweh und Heimkehr” (Operette, 1854) sowie Chöre und Lieder, darunter beliebte Vertonungen von Gedichten Goethes, Novalis’ und Uhlands. Fachveröffentlichungen, u. a. „System der Rhythmik” (herausgegeben von Benedikt Widmann, 1862), „Formenlehre der Instrumentalmusik” (herausgegeben von Benedikt Widmann, 1862) sowie Beiträge für die Mainzer „Cäcilia“ und die Allgemeine musikalische Zeitung.
Außer Gedichten verfasste Sch. verschiedene autobiographische Schriften, darunter Erinnerungen an seine Ffter Zeit (in „Neue Illustrierte Zeitschrift für die Schweiz”, 1849). Seine nur bis 1817 reichenden „Lebenserinnerungen” veröffentlichte 1887 die von ihm zur Förderung künstlerischer und wissenschaftlicher Arbeiten 1847 testamentarisch eingerichtete „Stiftung von Sch. von Wartensee” in Zürich.
Musik- und Briefautographen von Sch. sowie Musikdrucke und handschriftliches Aufführungsmaterial zu der Operette „Heimweh und Heimkehr” in der UB Ffm.