Theologie- und Philosophiestudium in Leipzig und Erlangen. Von 1883 bis 1885 Oberlehrer am „Rauhen Hause“ in Hamburg. Dann Geistlicher an verschiedenen Gemeinden in Sachsen. 1890 wurde N. durch Conrad Kayser, Pfarrer an der Ffter Weißfrauenkirche, als Vereinsgeistlicher zum „Evangelischen Verein für Innere Mission“ nach Ffm. berufen. Er arbeitete hier intensiv auf christlich-sozialem Gebiet, woraus sich immer mehr eine politische Tätigkeit entwickelte. 1891 gründete N. den Evangelischen Arbeiterverein. Auf Initiative N.s und des Arbeitervereins wurden in Ffm. mehrere Hundert Kleinwohnungen und ein Arbeiterwohnheim in Niederrad gebaut. In seiner Ffter Zeit redigierte N. den „Sonntagsgruß“ und gab ab 1894 die Wochenzeitschrift „Die Hilfe“ heraus, die er 1897 nach Berlin verlegte. Um die Mitte der 1890er Jahre erschienen seine Schriften „Was heißt christlich-sozial?“ (2 Bände, 1894/96) und „Soziale Briefe an reiche Leute“ (1895). Als Aufgabe der Christlich-Sozialen sah N. den Angriff auf den Bestand der großen Vermögen. Mit dieser Vorstellung stieß er in weiten kirchlichen Kreisen auf Ablehnung. Die obersten Kirchenbehörden warfen ihm vor, Klassenkampf zu lehren, eine Behauptung, der N. heftig widersprach. Wegen dieser Auseinandersetzungen gab N. bereits 1894 seine Stelle als Vereinsgeistlicher bei der Inneren Mission auf, behielt aber einen Auftrag als Pfarrer für Predigten und Vorträge. Im sozialen Bereich pflegte er in Ffm. den Kontakt mit den jüdischen Sozialreformern Karl Flesch und Charles Hallgarten. Antisemitischen Strömungen, auch in der evangelischen Kirche, stand er ablehnend gegenüber. 1897 verließ N. Ffm.
Von 1907 bis 1919 gehörte N. dem Reichstag an. 1918 Mitbegründer der Deutschen Demokratischen Partei (DDP), deren Vorsitzender er in seinen letzten Lebensmonaten war.
Bronzerelief (von Hans Adam, 1979) in der Halle des „Philipp-Jakob-Spener-Hauses“, des Gästehauses und Tagungszentrums des Evangelischen Regionalverbands, in der Dominikanergasse 5.
Friedrich-N.-Straße in der Kuhwaldsiedlung.