Sohn von Jacob A. und dessen Ehefrau Sara, geb. Katz (1819-1889). Während der Vater, ein Vetter des Schriftstellers Berthold A. (1812-1882), erst 1843 aus dem Badischen nach Ffm. gekommen war, stammte Ernst A. mütterlicherseits aus einer in Ffm. alteingesessenen jüdischen Familie, deren Vorfahren sich auf die Zeit vor dem Fettmilch-Aufstand zurückverfolgen lassen.
Reifeprüfung am städtischen Gymnasium in Ffm. (1881). Studium der Rechtswissenschaften in Göttingen, Leipzig und Heidelberg. 1887 Promotion in Heidelberg mit einer Dissertation zur Strafprozessordnung. Niederlassung als Rechtsanwalt in Ffm. in einer Sozietät mit seinem Schwager Berthold Geiger. Zunächst hauptsächlich als Strafanwalt, später nur in Zivilsachen tätig. Bekannt für seine geistreichen Plädoyers. Langjähriger Vorsitzender des Ffter Anwaltsvereins. Stellvertretender Vorsitzender der Anwaltskammer.
Die liberal-aufklärerische Tradition des Vaters setzte A. im religiösen wie städtischen Leben fort. Er engagierte sich für die Volksbildung und führte an den städtischen Gymnasien das Fach Bürgerkunde ein, das er auch selbst unterrichtete. Als juristischer Ratgeber engagierte er sich für die Gründung der Ffter Universität und gehörte deren Großem Rat bis 1922 als Vertreter der Stadtverordnetenversammlung an. Er war langjähriges Vorstandsmitglied der Ffter Israelitischen Gemeinde sowie von 1888 bis zu seinem Tod Syndikus des Schulrats des Philantropins. Er nahm führende Positionen im „Centralverein deutscher Staatsbürger jüdischen Glaubens“ ein. Mitglied in dem von seinem Bruder Fritz A. (1852-1909) mitbegründeten „Freisinnigen Verein für jüdisches Gemeindeleben“. Mitbegründer des „Verbands der deutschen Juden“, der zum Ziel hatte, eine politische Vertretung der deutschen Judenheit zu schaffen. Mitbegründer (mit Berthold Geiger, Julius Plotke u. a.) des „Anti-Tauf-Komitees“. Mitglied der Freimaurerloge zur aufgehenden Morgenröthe, der auch schon sein Vater Jacob und sein Großonkel Berthold A. angehört hatten.
Porträt (von Julius Hülsen, 1913; aus dem Besitz der Freimaurerloge zur aufgehenden Morgenröthe) seit 2011 im Jüdischen Museum in Ffm.
A. war seit 1895 mit der Porträtmalerin Emma A., geb. Kehrmann (1867-1958), verheiratet. Aus der Ehe stammten zwei Töchter, die Malerin und Kunsthistorikerin Erna A. (1897-1975) und die Rechtsanwältin Ilse Schmitthoff (1900-1995). Die Familie, die vorher im Westend gewohnt hatte, lebte seit 1913 in einer repräsentativen Villa in der Holbeinstraße 43 im neu erschlossenen Sachsenhäuser Malerviertel. Nachdem die beiden Töchter nach der Machtübernahme der Nationalsozialisten 1933 ins Londoner Exil gegangen waren, bewohnte Ernst A.s Witwe Emma die Villa allein. 1939 musste sie das (später im Krieg zerstörte) Haus verkaufen und folgte ihren Töchtern ins Exil.