Seit 1854 Professor für Geschichte am Ffter Gymnasium. 1860 zum Priester geweiht. 1880 Päpstlicher Hausprälat und apostolischer Protonotar. J. gehörte zu den Kreisen um Johanna Schlosser (1786-1865), Marianne von Willemer, Edward von Steinle, Karl und Johann David Passavant. Mit Johann Friedrich Böhmer war er eng befreundet. Durch Böhmer für den alten Reichsgedanken interessiert, vertiefte sich J. seit 1857 in das Studium des Spätmittelalters, woraus als Auftragsarbeit die Quellenpublikation „Fft.s Reichscorrespondenz 1376-1519“ (2 Bde., 1863-72) hervorging. Zum Hauptwerk von J. wurde dann die „Geschichte des deutschen Volkes seit dem Ausgang des Mittelalters“ (8 Bde., 1876-94), in der er die Reformationszeit aus katholischer Sicht darstellt. J. avancierte zum einflussreichsten katholischen Historiker Deutschlands seiner Zeit. Wenn auch sein konfessionell geprägtes Geschichtsbild, das schon damals heftigen Widerspruch von evangelischer Seite (Max Lenz, Julius Köstlin, Gustav Bossert) zur Folge hatte, überholt ist, so gab J. doch erstmals den Anstoß zur Ursachenforschung für die Reformation, der eine Überarbeitung im ökumenischen Sinn lohnte.
Von 1875 bis 1876 Mitglied des Preußischen Landtags (Zentrumspartei).
Weitere Schriften: „Schiller als Historiker“ (1863), „Johann Friedrich Böhmers Leben, Briefe und kleinere Schriften“ (3 Bde., 1868), „Böhmers Leben und Anschauungen“ (1869) sowie biographische und essayistische Schriften.
Mehrfach porträtiert und karikiert von Steinle.
J. wohnte im Haus Schöne Aussicht 16, in dem auch Schopenhauer, Tycho Mommsen und später Fried Lübbecke lebten. Boehle malte J.s „Leichenbegängnis“ (1891).
Nach J.s Tod vollendete sein Schüler Ludwig Pastor das Hauptwerk des Lehrers, veröffentlichte eine Biographie J.s (1892) und gab seine Briefe heraus (2 Bde., 1920).