Als Tropenarzt in Sumatra und Neuguinea hatte sich H. bereits seit 1881 mit völkerkundlichen Studien befasst. Von der Malaria aus den Tropen vertrieben, ließ er sich 1897 zusammen mit seiner jungen Frau und Mitarbeiterin Anna H., geb. Treichel, in Ffm. nieder, um seine Erfahrungen aus diesen Ländern literarisch und wissenschaftlich zu verwerten. Im Jahr 1900 rief H. die Ffter Anthropologische Gesellschaft ins Leben. Daraus ging 1904, gefördert von Oberbürgermeister Adickes, das städtische Völkermuseum (später bis 2001: Museum für Völkerkunde; von 2001 bis 2010: Museum der Weltkulturen; seit 2010: Weltkulturen Museum) hervor, als dessen Gründer H. angesehen werden darf. Grundstock für die Sammlungen des Museums, das H. bis zu seinem Tod ehrenamtlich leitete, bildete die völkerkundliche Abteilung des Historischen Museums, die mit der ethnografischen Abteilung des Senckenbergmuseums vereinigt worden war. Aus engen Räumlichkeiten in der Münzgasse konnte das Museum 1908 in das Palais Thurn und Taxis umziehen. H. vervollständigte den Fundus stetig auch aus seinen privaten Sammlungen. Neue Exponate brachte er von weiteren Forschungsreisen mit. H. trug wesentlich zur Popularisierung der Völkerkunde bei. Ausgedehnte Vortragstätigkeit, auch zur Volksbildung. Anfangs Dozentur für Entomologie am Senckenbergischen Institut. Dann Lehraufträge für Völkerkunde an der Universität Heidelberg und an der Akademie für Sozial- und Handelswissenschaften in Ffm. 1914 Honorarprofessor für Anthropologie an der Ffter Universität.
Mitglied zahlreicher wissenschaftlicher Vereine, u. a. Vorsitzender des Vereins für Geographie und Statistik (seit 1909), der H. mit der Silbernen Rüppell-Medaille auszeichnete.
Zahlreiche Fachveröffentlichungen.
Begründer der „Veröffentlichungen aus dem städtischen Völker-Museum“ (1907).
Ehrengrabstätte auf dem Ffter Hauptfriedhof (Gewann XIV 386); die Patenschaft für die Grabpflege hat der Freundeskreis des Weltkulturen Museums 2012 übernommen.
Nachlass von Bernhard und Anna H. im ISG.
Die Anthropologische Gesellschaft vergibt als Ehrengeschenk an ihre Förderer eine Bernhard-H.-Medaille.