Wegen seiner streng lutherischen Lehre und seiner streitbaren Art oft angefochten, verfolgt und ausgewiesen, führte F. ein ständiges Wanderleben. In Ffm., wo er sich schon wiederholt als theologischer Ratgeber der lutherischen Gemeinde aufgehalten hatte, fand er 1567 Zuflucht, indem ihn die protestantische Priorin Katharina von Meerfeld, Vorsteherin des seit der Reformation als Waisenhaus dienenden Weißfrauenklosters, aufnahm. Sie beherbergte die Familie F. trotz aller Einwände des Rats der Stadt, der sich durch August von Sachsen zur Auslieferung F.’ gedrängt fühlte. Anhänger von F. in Ffm. waren vor allem Hartmann Beyer und Heinrich Petreus, der wegen Vertretung der Lehren F.’ 1581 sogar seinen Abschied von Ffm. nehmen musste.
Zahlreiche theologische Streitschriften. Daneben historiographische Schriften: „Catalogus testium veritatis“ (Basel 1556) und das von F. angeregte Gemeinschaftswerk „Ecclesiastica historia (...)“, gen. „Magdeburger Centurien“ (13 Bde., 1559-74; unvollendet).