Sohn des Bankiers Rudolph S. und dessen Ehefrau Theodora, geb. Bass (1836-1890).
Nach einer kaufmännischen Ausbildung trat S. in das Bankhaus Gebr. Sulzbach ein, dessen Teilhaber er 1879 wurde. Bereits neben seiner Banklehre studierte er, seinen Neigungen folgend, Musiktheorie und Kompositionslehre. 1893 trat er aus dem Bankgeschäft aus, um sich als Privatier nur noch der Musik widmen zu können, zunächst durch Fortsetzung seines Studiums bei Iwan Knorr am Hoch’schen Konservatorium.
Als engagierter Förderer und Mäzen machte sich S. besonders um Dr. Hoch’s Konservatorium verdient, dessen Kuratorium er seit 1883, zeitweise (1904-23) als Vorsitzender, angehörte. Er stiftete dem Konservatorium bedeutende Beträge, u. a. zur Anschaffung eines Konzertflügels (zusammen mit seinem Bruder Karl S., um 1903/04) und der Orgel für den Konzertsaal (um 1911/12), förderte aber auch das Palmengarten-Orchester, unterstützte arme Künstler bei ihren Studien und spendete großzügig für in Not geratene Musiker, deren Witwen und Waisen.
Außerdem setzte sich der passionierte Jäger für die Einrichtung von Naturschutzparks ein und förderte das Senckenbergmuseum.
Eigene Kompositionen, vor allem Kammermusikstücke, Lieder und Chorwerke, von denen viele in Ffm. uraufgeführt wurden.
1915 Kaiserlich Türkische Rote-Halbmond-Medaille in Bronze.
Am 9.10.1932 veranstaltete Dr. Hoch’s Konservatorium eine Gedächtnisfeier für sein Ehrenmitglied Emil S., bei der zwölf von dessen Liedern vorgetragen wurden.
Verheiratet (seit 1886) mit Julie S., geb. Marckwald (1865-?), aus Berlin, einer Cousine von Martha Liebermann, geb. Marckwald (1857-1943), der Ehefrau des Malers Max Liebermann (1847-1935). Zwei Söhne und eine Tochter: Ernst Rudolf S. (1887-1954), Verleger, emigriert von Berlin 1936 über Mexiko nach Schweden, wo er in Stockholm als Lektor beim Bonnier-Verlag arbeitete und die Filmhistorische Sammlung mitaufbaute; Lili Theodora Louise S. (seit 1913 in erster Ehe verh. von Boxberger, in zweiter Ehe verh. Sandkühler, 1889-1973), die während der NS-Zeit bis 1944 illegal in Berlin lebte, dann nach Salzburg floh und später in Freilassing wohnte; Herbert Paul S. (1894-1985), Fabrikant, emigriert von Berlin 1937/38 nach England, wo er sich als Diplomat nach dem Zweiten Weltkrieg um die deutsch-britische Versöhnung verdient machte. Ernst S. war verheiratet in erster Ehe (1917-24) mit Kerstin Strindberg (1894-1956), der Tochter des Dramatikers August Strindberg (1849-1912), in zweiter Ehe mit der Grafikerin Renée S., geb. Goldberger (1892-1978), die nach Ernst S.s Tod dessen Lektorenstelle beim Bonnier-Verlag in Stockholm übernahm; aus der ersten Ehe stammte der Sohn Christoph S. (1919-2010), der als Bildhauer und Grafiker in Stockholm arbeitete. Herbert S. war in zweiter Ehe verheiratet mit der Schauspielerin Beate S., geb. Scherk (1896-1982), deren Mutter eine Cousine des Romanisten Victor Klemperer (1881-1960) und des Dirigenten Otto Klemperer (1885-1973) war.
Teilnachlass im ISG. Einzelne Kompositionen und Briefe (an Engelbert Humperdinck, 1899, und an Nicolas Manskopf, etwa 1901-28) in der UB Ffm.
Emil-S.-Straße in Bockenheim.