Bei einer Demonstration gegen eine NPD-Wahlveranstaltung im Bürgerhaus Gallus in Ffm. wurde S. an der Kreuzung Frankenallee/Hufnagelstraße von einem Wasserwerfer der Polizei erfasst und tödlich verletzt. Der aufsehenerregende Vorfall führte in Ffm. zu tagelangen Straßenschlachten zwischen Demonstranten der autonomen Szene und der Polizei. Dem Trauerzug zu S.s Beerdigung auf dem Höchster Friedhof (9.10.1985) folgten über 2.000 Menschen. Die Grünen stellten zur Diskussion, ob S. „nicht absichtlich überfahren worden” sei, was Innenminister Horst Winterstein (SPD) als „ungeheuerlichen Vorwurf” zurückwies. Zum ersten Todestag S.s 1986 gab es Gedenkdemonstrationen, wodurch die Aufnahme eines Prozesses gegen die an dem Vorfall beteiligten Polizisten beschleunigt werden sollte. In dem 1987 dann eröffneten „S.-Prozess” wurde der Fahrer des Wasserwerfers 1990 vom Vorwurf der fahrlässigen Tötung freigesprochen.
Eine Initiative zur Umbenennung der Kreuzung Frankenallee/Hufnagelstraße in „Günter-S.-Platz” (1986) konnte sich nicht durchsetzen.