Jüngstes von acht Kindern des Bankiers Johann Robert de N. (1810-1870) und dessen Ehefrau Maria Magdalene, geb. Rohmer (1818-1900). Bruder von Johann Gustav Adolf und Carl de N. Die ursprünglich adelige Familie gehörte seit zehn Generationen zu den führenden Kaufleuten und Bankiers Fft.s; der von ihm gelegentlich benutzte Titel „Baron“ kam de N. jedoch nicht zu.
Ursprünglich Bankier und Kaufmann, konnte de N. bereits früh vom Familienvermögen leben. Er engagierte sich ehrenamtlich als Präses-Diakon in der Ffter Französisch-reformierten Gemeinde und war durch deren Pfarrer Jean Louis Bonnet und Charles Correvon von einer ökumenisch offenen Erweckungsbewegung geprägt. Entgegen dem vorherrschenden Nationalismus und Militarismus widmete sich de N. der internationalen Friedensarbeit. Von 1903 bis in den Ersten Weltkrieg war er stellvertretender Vorsitzender des Ffter Friedensvereins, nahm seit 1902 an den Friedenskonferenzen der Deutschen Friedensgesellschaft und den jährlichen Weltfriedenskongressen teil und gehörte von 1907 bis 1922 zum Rat des Internationalen Friedensbüros, das 1910 den Friedensnobelpreis erhielt. Die Friedensbewegung unterstützte er in zahlreichen Organisationen, Reisen und Kongressen mit ausgeprägten diplomatischen Fähigkeiten, etwa als ihr Repräsentant bei der Zweiten Friedenskonferenz von 44 Regierungen in Den Haag 1907, sowie mehrfach mit erheblichen Finanzmitteln.
Gemeinsam mit dem englischen Unterhausabgeordneten Allan Baker organisierte de N. 1908 und 1909 deutsch-englische Friedensfahrten mit 131 bzw. 109 hochrangigen Vertretern von evangelischen Landeskirchen, Freikirchen und der römisch-katholischen Kirche sowie der theologischen Wissenschaft, die zu Meilensteinen der ökumenischen Bewegung wurden. Daraus entwickelte sich der Weltbund für Freundschaftsarbeit der Kirchen, einer der Vorläufer des Ökumenischen Rats der Kirchen.
Eduard de N. setzte sich so konsequent wie nur wenige im deutschen Protestantismus vor und im Ersten Weltkrieg für den Weltfrieden ein. Sein Engagement verband ihn mit seiner Frau, der dänisch-niederländischen Kaufmannstochter Sara Brandt (1859-1946), und seiner einzigen Tochter Cécile (1889-1969), die 1916 den Schweizer Edouard Couvreu de Deckersberg heiratete und an deren Wohnort Blonay in der Schweiz er 1922 von Ffm zog.