Zunächst Theologiestudium in Jena. Ab 1804 Medizinstudium in Marburg, Göttingen, Würzburg und Erlangen. 1809 Promotion. Im gleichen Jahr als Arzt in Ffm. 1812 wurde N. Professor der allgemeinen und speziellen Pathologie an der unter Dalberg gegründeten medizinischen Fakultät, die aber nur ein Jahr bestand. 1813 arbeitete er an den Ffter Militärhospitälern in Sachsenhausen und auf dem Sandhof. 1814 wurde N. zum Physicus extraordinarius, 1818 zum Landphysikus ernannt. Von 1815 bis 1846 war er Arzt am Senckenbergischen Bürgerhospital und Lehrer der Botanik am Senckenbergischen Institut.
Mitbegründer der SNG (1817) und des Physikalischen Vereins (1824), dessen Vorstand er bis zu seinem Tod angehörte. Seit 1820 betrieb N. physikalische Forschungen und hielt vielbeachtete Vorlesungen, besonders im Bereich Elektromagnetismus. 1835 konstruierte er ein „Blitzrad“, 1838 trat er mit einem Elektromotor an die Öffentlichkeit. Er untersuchte die Sternschnuppenfälle und das Verhältnis der elektrischen Polarität zu Licht und Wärme. Seine Forschungsergebnisse veröffentlichte er im „Journal für Chemie und Physik“, später in den „Annalen der Physik und Chemie“. Sein Vermögen vermachte er dem Senckenbergischen Medizinischen Institut.
Gedenktafel am Eingang der ehemaligen Senckenbergischen Bibliothek im früheren Universitätshauptgebäude in Bockenheim.
Seit 1999 Christian-Ernst-N.-Forschungspreise des Ffter Physikalischen Vereins für Jugendliche, die sich mit „gesellschaftlich relevanten Arbeiten über Umwelt und Technik“ befassen.