Sohn von Matthäus M. d. Ä. und dessen erster Ehefrau Maria Magdalena, geb. de Bry (1598-1645). Bruder von Caspar M. Halbbruder von Maria Sibylla M.
Schüler von Joachim von Sandrart in Ffm. Sandrart nahm ihn 1637 mit nach Amsterdam. 1639 bei van Dyck in London. 1641 in Paris, 1642 zurück in Ffm. Von 1643 bis 1647 in Italien, 1647 in Nürnberg, wo er Bildnisse einiger Teilnehmer des Friedenskongresses anfertigte. Politischer Agent und Vertreter mehrerer Fürsten. 1648 in Diensten des Generals von Wrangel. Vielbeschäftigter, erfolgreicher Porträtist. Leopold I. ließ sich während seines Aufenthalts zur Kaiserkrönung in Ffm. 1658 von M. malen. Daraufhin folgten viele Fürsten dem Beispiel des Kaisers. Bald wurde M. von Leopold I. nach Wien bestellt, um ein Bildnis vom Kaiser hoch zu Pferde anzufertigen. M. malte auch Kirchenbilder (z. B. zwei Altarblätter für den Bamberger Dom). Nach dem Tod von Matthäus M. d. Ä. 1650 übernahm M. zusammen mit seinem Bruder Caspar M. den Verlag und führte das Werk des Vaters fort, besonders die Herausgabe weiterer Bände der „Topographia” und des „Theatrum Europaeum”. Bis auf die großen, vom Vater begonnenen Reihenwerke kam die Buchproduktion des Verlags jedoch fast gänzlich zum Erliegen.
Ein Altarbild (mit einer Darstellung der Auferstehung Christi) aus der Ffter Barfüßerkirche und zwei Porträts von M.s Hand im HMF.
Grabstätte mit barockem Epitaph (1696) an der Südmauer des Petersfriedhofs.