1937 erhielt M. eine Assistentenstelle am Institut für Erbbiologie und Rassenhygiene in Ffm. Zusammen mit seinem Vorgesetzten, dem Rassebiologen Otmar Freiherr von Verschuer, fertigte er Vaterschaftsgutachten in sogenannten „Rassenschandeprozessen“ an. 1938 promovierte M. an der Ffter Universität mit einer Arbeit über „Sippenuntersuchungen bei Lippen-Kiefer-Gaumenspalte“ zum Dr. med. Im Sommer 1940 zur Wehrmacht einberufen, meldete er sich freiwillig zur Waffen-SS. Von Mai 1943 bis Januar 1945 war M. als Lagerarzt im KZ Auschwitz tätig, wo er an der Ermordung mehrerer tausend Menschen – u. a. durch qualvolle medizinische Experimente – beteiligt war. Als einer der prominentesten NS-Verbrecher wurde M. für seine Taten nie zur Rechenschaft gezogen. 1961 klagte der nach Südamerika geflohene M. erfolglos gegen die Aberkennung seines in Ffm. erworbenen medizinischen Doktortitels.