Aus wohlhabendem Haus. Tochter des in der Töngesgasse ansässigen Goldarbeiters und Juweliers Martin Burgk (auch: Burck; † 1725) und dessen Ehefrau Maria Philippina, geb. Merian (1674-1733), die aus der berühmten Kupferstecher- und Kunsthändlerfamilie stammte. Schwester des Pfarrers Johann Matthäus Burgk (1712-1778). Verheiratet in erster Ehe (seit 1744) mit ihrem Cousin Ehrenfried Klotz (1685-1763), in zweiter Ehe (seit 1765) mit Johann Benjamin A. d. Ä.
Nach dem Tod ihres ersten Mannes, eines reichen Farbwarenhändlers, mit dem sie im Haus zur Grünen Hand im Großen Hirschgraben Lit. F 68 (später Nr. 13) gelebt hatte, verfügte Magdalena Margaretha über ein beachtliches Vermögen, das u. a. aus dem Haus und einem großen Kapital an Schuldverschreibungen bestand. Im Alter von 58 Jahren verheiratete sie sich wieder, mit dem Buchdrucker und Verleger Johann Benjamin A. d. Ä., der sich kurz zuvor aus seinem Geschäft zurückgezogen hatte, um sich künftig als Ratsherr und späterer Schöffe ganz der Stadtpolitik zu widmen. 1778 erneut verwitwet, legte A. ihr Vermögen im Wert von circa 280.000 Gulden testamentarisch etwa zur Hälfte in Vermächtnissen fest, zugunsten ihrer eigenen Familie (während die Verwandten aus der Familie Klotz und ihre Stiefsöhne Johann Benjamin und Johann Jacob A. fast leer ausgingen) und insbesondere für wohltätige Zwecke in der Niederländischen Gemeinde Augsburger Confession, und setzte schließlich diese Gemeinde zu ihrer Universalerbin ein. Ebenfalls 1778 gehörte die „Frau Schöff A.“, u. a. zusammen mit dem Kaiserlichen Rat Johann Caspar Goethe, Goethes Vater, zu den Verkäufern des Porzellanhofs auf dem Klapperfeld.
Porträt (Pastellzeichnung) als Dauerleihgabe der Niederländischen Gemeinde Augsburger Confession im HMF.
Zahlreiche Dokumente zu Vermögen, Nachlass und Stiftung von A. sind im Archiv der Niederländischen Gemeinde Augsburger Confession (als Depositum im ISG) überliefert.
Mit ihrem Testament von 1778 (mit einem Nachtrag von 1786) stiftete A. ein Waisenhaus zur Betreuung, Bildung und Förderung elternloser unbemittelter Kinder aus der Niederländischen Gemeinde Augsburger Confession (NGAC), das in ihrem Wohnhaus im Großen Hirschgraben 13 eingerichtet werden und mit einem Kapital von 100.000 Gulden aus ihrem Vermächtnis unterhalten werden sollte (daher auch: „A.’sche Stiftung“ oder „A.’sche Waisenhausstiftung“); zudem vermachte sie der NGAC einen Betrag von 10.000 Gulden für Stipendien. Noch in A.s Sterbejahr (1787) zogen die ersten Waisenkinder, Mädchen und Jungen, in das Haus ein. Während die Mädchen später in Kost und Logis zu Familien gegeben wurden, diente das Haus im Großen Hirschgraben, zusammen mit dem hinzuerworbenen Nachbargebäude (Lit. F 69, später Nr. 15), weiterhin als Heim für bis zu 20 Knaben. Nach dem Verkauf der baufällig gewordenen Immobilie 1865 übersiedelte das Waisenhaus in die Seilerstraße 18, wo seitdem auch die NGAC selbst ihren Sitz hatte. Das Waisenhaus wurde hier mindestens bis 1923 fortgeführt. Aus dem Gebäude in der Seilerstraße, das 1965 an die Stadt verkauft und abgerissen wurde, nahm die NGAC einen Portikus von 1799 mit und ließ ihn im Eingang ihres neuen Hauses im Oberweg 16 anbringen. Dort soll er an Magdalena Margaretha A. als die große Wohltäterin der Gemeinde erinnern.
A.straße in Bornheim.