1500/01 schuf H. in Ffm. den Hochaltar für die Dominikanerkirche, wobei als Gehilfen wahrscheinlich sein Bruder Siegmund H. und Leonhard Beck dienten. Der Ffter Dominikaneraltar markiert den Beginn einer neuen Schaffensperiode im Werk von H., die vor allem durch das Streben nach malerischem Ausdruck, eine lebhaftere Darstellung und eine gesteigerte Individualisierung in der Personenabbildung geprägt ist. Möglicherweise wurde dieser Umbruch in H.s Stil dadurch begünstigt, dass er in Ffm. Matthias Grünewald begegnete.
Im Zuge der Säkularisation wurde der Hochaltar aus dem Dominikanerkloster entfernt, und Dalberg übergab 1803 einige der Tafeln den städtischen Sammlungen in Ffm.; andere gingen nach Würzburg, Basel und Hamburg. Im Städel befinden sich heute von den Altarflügeln sieben Tafeln mit der Darstellung der Passion und Auferstehung Christi, von der Werktagsseite des Altars vier Tafeln mit den Stammbäumen Christi und der Dominikaner (bezeichnet: „Hans Hoilbayn de Augusta“, 1501) sowie von der Predella des Altars vier Szenen aus dem Leben Christi (als Dauerleihgaben des HMF seit 1922). Auch die Darstellung des Abendmahls von der Predella, die früher in der Leonhardskirche zu sehen war, ging 1964 als Dauerleihgabe des Gesamtverbands der Katholischen Kirchengemeinden in Ffm. an das Städel.
H.straße und bis 2021 H.schule, eine Realschule, in Sachsenhausen.