G. lebte seit Juni 1606 in Ffm., wo schon einige seiner Werke gedruckt worden waren und wo er das Beisassenrecht erwarb. Er war hier schriftstellerisch für verschiedene Verlage tätig, arbeitete zusammen mit Michael Lundorp an einer Ausgabe des Petronius (1610), trug literarische Fehden aus und verfasste juristische Gutachten, vor allem zu verfassungsrechtlichen Fragen. Im Auftrag verschiedener deutscher Fürsten beschäftigt, unternahm er von Ffm. aus Reisen zu deren Höfen, zu Reichstagen und u. a. nach Prag (1612). Im Auftrag der Herzogin Dorothea Maria von Sachsen-Weimar (1574-1617) sollte G. im Frühjahr 1612 eine notariell beglaubigte Abschrift der Goldenen Bulle beim Rat der Stadt Ffm. einholen, was der Rat – gerade mitten in den Vorbereitungen zur Kaiserwahl – jedoch ablehnte, zumal dessen Syndiker die Befürchtung geäußert hatten, dass die Stadtregierung dadurch in die Streitigkeiten der kurfürstlichen (albertinischen) und der herzoglichen (ernestinischen) Linie des Hauses Wettin hineingezogen worden wäre. Am 14.12.1612 heiratete G., der zuvor zeitweise (bis 1608 und wahrsch. 1610) im Karmeliterkloster gewohnt hatte, die Patriziertochter Sophia Ottilia Jeckel (1586-1630); zwei der drei Kinder aus dieser Ehe, der Sohn Johannes Jacobus (* 1613) und die Tochter Maria Sybilla (* 1624), wurden in Ffm. geboren. 1613 zum Fürstlich Sachsen-Weimarischen Rat ernannt, überwarf sich G. zwei Jahre später jedoch mit dem Weimarer Hof. Wohl im Herbst 1615 zog G. von Ffm. nach Bückeburg, in die Dienste des Grafen Ernst von Holstein-Schaumburg (1596-1622), nach dessen Tod er 1624 nach Ffm. zurückkehrte. Hauptsächlich lebte er nun von der Unterstützung des seit 1626 regierenden Landgrafen Georg II. von Hessen-Darmstadt (1605-1661), der schon seit längerem eine Geschichte Hessens von ihm erhoffte. Nach dem Tod seiner Frau am 1.2.1630 wurde G. vom Landgrafen nach Gießen geholt, wo er zuletzt Kanzler der Universität war.
Selbst manischer Sammler von Handschriften und Urkunden, gab G. bedeutende Quellen zur Reichs- und Rechtsgeschichte sowie literarische Texte des Mittelalters heraus, u. a. „Suevicarum rerum scriptores aliquot veteres“ (Ffm. 1605), „Alamannicarum rerum scriptores aliquot vetusti“ (3 Bde., Ffm. 1606), „Monarchia S. Romani Imperii sive tractatus de iurisdictione imperiali seu regia et pontificia (...)“ (3 Bde., Hanau/Ffm. 1611-14, Neudruck 1960) und „Collectio constitutionum imperialium“ (4 Bde., Ffm. 1613-15, 4. Aufl. 1713, davon Neudruck 1974). In der letztgenannten Sammlung hat G. auch die Goldene Bulle ediert, die er nach früheren Drucken erstmals in einem seiner Quellenwerke bereits 1607 herausgegeben hatte.
Umfangreicher Briefwechsel mit Gelehrten [vgl. „Virorum cl(arorum) et doctorum Ad Melchiorem Goldastum (...) Epistolae ex Bibliotheca Henrici Günteri Thülemarii“, Ffm./Speyer 1688). Aus G.s Korrespondenz besitzt die UB Ffm. eine Sammlung von Briefen, insbesondere aus einem Briefband, den der vorherige Besitzer, der Stadtbibliothekar Dr. jur. Johann Simon Franc von Lichtenstein (1720-1793), vermutlich 1771 an die Ffter Stadtbibliothek gab.
Wegen der politischen Unruhe zur Zeit des Dreißigjährigen Kriegs hatte G. vor seiner Rückkehr nach Ffm. 1624 seine Bibliothek und sein Vermögen größtenteils nach Bremen ausgelagert. Nach seinem Tod verkauften seine Erben 1646 Bibliothek und Sammlungen (einschließlich der noch in Ffm. lagernden Teile) an die Stadt Bremen, wo der Bestand den Grundstock für die 1660 eröffnete Stadtbibliothek bildete. Zu G.s Sammlung gehörten auch wertvolle Stücke aus Archiven und Bibliotheken von St. Gallen, die G. während seiner dortigen Forschungstätigkeit (ab 1599) auf teilweise fragwürdige Weise in seinen Besitz gebracht hatte. 1605, kurz vor seinem Wechsel nach Ffm., war es deswegen zu einem Rechtsstreit gekommen. Erst 1948 wurde ein Teil aus dem Nachlass, bestehend aus 50 Urkunden sowie 98 Briefen des Humanisten und Reformators Joachim Vadian (eigentl.: Joachim von Watt; 1484-1551), von St. Gallen zurückgekauft.