Der Sohn des Landkartenzeichners Wilhelm D. (ca. 1572-1655) erlernte, vom Vater unterrichtet, dessen Fähigkeiten. 1624 erste Kontakte zum Rat der Stadt Ffm., der einen Baumeister zur Erweiterung der Festungsanlagen suchte. D.s Entwurf wurde aus Kostengründen abgelehnt. Der vom Rat eingesetzte Baumeister Johann Adolf von Holzhausen verfügte nicht über ausreichende Fachkenntnisse und empfahl 1626 D. als Baumeister. Vater Wilhelm und Sohn Johann D. erarbeiteten daraufhin 1627 Pläne für Ffm. und verließen im selben Jahr die Stadt, deren Verwaltung abermals wegen zu hoher Kosten die Pläne ablehnte. Wegen der Dringlichkeit holte der Rat Johann Wilhelm D. auf dessen erneute Bewerbung hin im Oktober 1627 zurück. D. begann unverzüglich, die Festungsanlagen auszubauen. Die vertragliche Arbeitsregelung folgte 1628. Das Bürgerrecht erwarb D. 1640. Die Familie zählte zu den angesehenen Kreisen der Stadt. 1652 kaufte D. das Haus zum Alten Wetterhahn (später abgerissen). Die Ausführung von D.s Plänen konnte erst um 1700 abgeschlossen werden.
1640 hat D. mit eigenen Texten und Kupferstichen das Buch „Peribologia“ seines Vaters über den Festungsbau vollendet und in Ffm. herausgebracht.
Idealisiertes Standbild (von Friedrich Hausmann, um 1904) am Hauptportal („Baumeisterportal“) des Neuen Rathauses in der Bethmannstraße.
Ab 1806 wurde die von D. erbaute Stadtbefestigung endgültig geschleift und durch eine Wallpromenade, den Anlagenring, ersetzt. Im Zuge von Bauarbeiten auf dem Grundstück der Stiftung Waisenhaus in der Bleichstraße wurde 2009 ein Abschnitt der barocken Befestigungsanlagen entdeckt und archäologisch freigelegt, die Kasematten der Friedberger Bastion, die seit 2011 im Rahmen von Führungen besichtigt werden können.