Im Frühjahr 1539 erster Aufenthalt C.s in Ffm. Anlässlich einer zweimonatigen religionspolitischen Tagung des Schmalkaldischen Bundes (zur Verabschiedung des „Ffter Anstands“, 19.4.1539) wurde damals in Ffm. ein Religionsgespräch zwischen Theologen und Laien zur Überbrückung von Glaubensstreitigkeiten veranstaltet. Daran nahm auch Melanchthon teil, wodurch C. ihn kennenlernte. Bekanntschaft mit Johann von Glauburg, der zum Mittelsmann zwischen C. und dem Rat der Stadt Ffm. wurde. 1553 Brief C.s an die lutherischen Prädikanten in Ffm. mit der Bitte, den Vertrieb der Schriften von Michael Servet auf der Ffter Messe zu unterbinden. Die Bücher Servets kamen daraufhin nicht in den Handel. 1555 schickte C. dem Rat der Stadt seine Schrift über die Auslegung der drei ersten Evangelien mit einer Widmung. Als in Ffm. mehrere Schriften gegen C. erschienen, schrieb er an den Rat, dankte für dessen Hilfe für die Flüchtlingsgemeinden und sprach seine Verwunderung aus, dass diese Schriften erscheinen konnten. Der Rat verbot daraufhin den Druck der nächsten Schrift, die dann aber in Oberursel erschien. Im September 1556 kam C. nach Ffm., um die Streitigkeiten innerhalb der reformierten Flüchtlingsgemeinden zu schlichten. C. wohnte während dieses 14-tägigen Aufenthalts im Hause von Claus Bromm auf der Zeil. Am 20.9.1556 versammelte sich unter C.s Vorsitz ein Schiedsgericht zur Beilegung der Auseinandersetzungen. C. versuchte außerdem, zwischen den lutherischen Prädikanten und den reformierten Gemeinden zu vermitteln. Die Prädikanten lehnten jedoch Verhandlungen mit ihm ab. C. predigte einmal in der Weißfrauenkirche und nahm eine Taufe vor. In den folgenden Jahren bemühte sich C. weiterhin um die Erhaltung der Ffter reformierten Gemeinde, wie seine insgesamt 24 vermittelnden und beratenden Briefe nach Ffm. zeigen.