Als einer der bedeutendsten deutschen Reformatoren neben Luther und Melanchthon wirkte B. im Wesentlichen in Straßburg und wurde als diplomatischer Unterhändler häufig mit auswärtigen Aufträgen betraut. So griff er auch vermittelnd in die Ffter Religionsstreitigkeiten ein, wozu er sich mehrmals in Ffm. aufhielt. B. gilt als Vater der Ffter Kirchenordnung. Als Antwort auf einen Brief Luthers vom Dezember 1532, in dem dieser die Stadt vor der zwinglianischen Haltung der Ffter Prädikanten warnte, veröffentlichte B. am 1.3.1533 eine Verteidigungsschrift im Namen der Prädikanten unter dem Titel „Entschuldigung der diener am Euangelio Jesu Christi zu Franckfurt am Meyn, Uff einen Sendbrieff Martin Luthers im truck außgangen, An den Rath unnd Gemeyne der Stat Franckfurt“. B. vertrat in diesem Schreiben einen zwischen Luther und Zwingli ausgleichenden Standpunkt, wobei der lutherische Lehrtypus erhalten blieb. Eine ebensolche Haltung zeigte er im Frühjahr 1536, als er an den Verhandlungen über die Ffter Kirchenreform nach dem Eintritt in den Schmalkaldischen Bund teilnahm. B. führte in Ffm. seine Straßburger Kirchenordnung ein, die gegenüber den lutherischen Gottesdiensten in Norddeutschland wesentlich schlichter war. 1542 vermittelte B. erneut in den Ffter Religionsstreitigkeiten und legte diese im Dezember 1542 mit der Aufstellung der Ffter Konkordia („Concordia, das ist Vereinigungsartikel Herrn Martini Buceri zwischen den Predigern von Fft. aufgerichtet“) bei.