S. entstammte einer lutherischen Organistenfamilie.
Mit sieben Jahren verließ er seinen Geburtsort und zog zu seinem Vetter Samuel Capricornus (1628-1665), der Musikdirektor an der Dreifaltigkeitskirche in Pressburg war. Dort erhielt er ersten musikalischen Unterricht, diente als Kapellknabe und besuchte das Gymnasium. Nachdem Capricornus 1657 als Hofkapellmeister nach Stuttgart gegangen war, folgte ihm S. spätestens 1659 als Kapellknabe an den Herzogshof; von 1661 bis 1666 war er dort als Altist angestellt. Nach dem Tod von Capricornus (1665) wurde er 1666 zum Kapellmeister am Hof von Baden-Durlach berufen. Eine erste Bewerbung an die Barfüßerkirche in Ffm. 1675 blieb erfolglos; erst 1682 wurde S., offenbar auf Fürsprache Speners, zum Kapellmeister an der Ffter Barfüßerkirche ernannt. Zu seinen Aufgaben gehörte die Aufsicht über die Musik in sämtlichen Kirchen und dem Gymnasium der Stadt, die Ausbildung von Kapellknaben und die Tätigkeit als Tenorist. 1692 wurde S. wegen Ehebruchs mit seiner Dienstmagd entlassen und aus der Stadt ausgewiesen. Trotz zahlreicher Versuche gelang es ihm nicht, seine Wiedereinstellung zu erreichen; er bekam vom Rat nicht einmal ein Abgangszeugnis. Erst 1694 erhielt er wieder eine Stelle als Kanzlist und Tenorist am Weimarer Hof und avancierte dort 1695 zum Vizekapellmeister.
S. wird als „einer der wichtigen und einflussreichen Kirchenkomponisten“ seiner Generation gerühmt, dessen Werk „noch nicht ausreichend gewürdigt und erschlossen wurde“ (MGG).
S. komponierte zahlreiche groß besetzte Kantaten, von denen nur etwa 20 handschriftlich erhalten sind. Für die Neuausgabe des Gesangbuchs von Joachim Neander (1650-1680), „Vermehrte Glaub- und Liebes-Übung“ (Ffm., 5. Aufl. 1691 u. ö.), schrieb S. die Melodien der insgesamt 64 aufgenommenen Lieder neu, darunter „Himmel, Erde, Luft und Meer“, das bis heute in dieser Fassung im Evangelischen Kirchengesangbuch enthalten ist (EG 504), während S.s Melodie zu Neanders bekanntestem Lied „Lobe den Herren“ sich im kirchlichen Gebrauch nicht durchgesetzt hat. Einzelne Lieder von S. sind in zahlreichen anderen Gesangbüchern überliefert. An weltlicher Vokal- und Instrumentalmusik ist wenig von ihm erhalten; die meisten seiner Werke (darunter auch Singballette) sind verschollen.