M. wurde als vierter Sohn von fünf Kindern geboren. Die Eltern, der Großindustrielle Wilhelm (eigentl.: William) M. (1848-1916) und dessen Ehefrau Henriette Caroline Emma, geb. Ladenburg (1859-1939), eine Bankierstochter, waren jüdischer Herkunft. M. und seine Geschwister Alfred M. (1878-1954), Walter Henry M. (1880-1967), Richard M. (1881-1960) und Gerta M. (später verh. von Bissing, 1894-1968) wurden nach der Geburt evangelisch getauft; die Eltern konvertierten 1898 zum protestantisch-reformierten Bekenntnis.
Besuch des Goethe-Gymnasiums bis zum Abitur 1905. Studium der Kunstgeschichte in Straßburg und Wien sowie der Philosophie in Halle/Saale, u. a. bei dem Kunsthistoriker Adolph Goldschmidt (1863-1944). Von 1906 bis 1907 unterbrach M. seine wissenschaftliche Ausbildung, um die einjährige militärische Dienstpflicht im deutschen Heer abzuleisten. Im Jahr 1910 wurde er in Halle mit der kunsthistorischen Arbeit „Die Buchmalerei des IX. Jahrhunderts in St. Gallen unter besonderer Berücksichtigung der Initial-Ornamentik“ promoviert; das Buch erschien 1911 und wurde in mehreren Auflagen publiziert. Laut Angaben seines Freundes, des späteren Schriftstellers, Kunsthistorikers, Juristen und Übersetzers Otto Freiherr von Taube (1879-1973), versammelte M. „auf seiner Studentenbude“ (Taube) in Halle regelmäßig einen Kreis von Kommilitonen, um philosophische Fragen zu diskutieren; dieses Ritual hätte M. an seinem letzten Wohnort Berlin fortgesetzt. Aus der intensiven Beschäftigung mit der Philosophie entstand die Schrift „Die Versöhnung der Gegensätze ohne ihre Aufhebung“, verlegt in Ffm. bei [Joseph] Baer (1913). Das Buch erschien unter dem Pseudonym Adolf Wilhelmi, was die Eltern zumindest begrüßten, wie aus der Korrespondenz mit dem Vater Wilhelm M. hervorgeht. Schließlich war M. das einzige Kind, das sich zum Leidwesen seines Vaters weder der Metallwirtschaft noch den sozialreformerischen Projekten, sondern den schöngeistigen Künsten verschrieben hatte. Gleichwohl war M. als Sohn des weltweit bekannten Hauses M. stolz auf die ökonomischen Erfolge und die sozialen Gründungen.
Schließlich schien M. doch eine Tätigkeit im Berliner Institut für Gemeinwohl in Betracht gezogen zu haben. Sogleich traf der Vater autoritär die Entscheidungen, nämlich dass M. täglich am Vor- oder Nachmittag, auf Wunsch auch von zu Hause, für das Sekretariat des Instituts arbeiten sollte; die Jahresvergütung von 6.000 Mark legte der Familienpatriarch ebenfalls fest. Aus der Überlieferung geht nicht hervor, ob M. die Stelle tatsächlich angetreten hat.
Gleich zu Beginn des Ersten Weltkriegs meldete sich M. als Freiwilliger und kam zunächst in der Funktion eines Leutnants zur Fuhrparkkolonne des Mainzer 6. Dragoner-Regiments. Doch M. wollte an der Front zu kämpfen: „Ich fasste den Entschluß, mich zur Infanterie zu melden, bei der ich nicht nur mit Freuden aufgenommen wurde, sondern sogar gleich eine Kompagnie zu führen bekam“, schrieb er Mitte Oktober 1914 an Taube aus dem nordfranzösischen Villers-lès-Roye. Bereits in den ersten Tagen beim 81. Infanterie-Regiment wurde M. mit dem Eisernen Kreuz ausgezeichnet. Auch für den Fronteinsatz schienen ihm Erkenntnisse aus dem Studium argumentativ nutzbar. Etwas dünkelhaft formulierte er: „An dem guten Zustand meiner Nerven ist aber – davon bin ich überzeugt – meine Philosophie zum großen Teile schuld. Die innere Sammlung, das Verständnis für die Forderung der Stunde, die Konsequenz des Verhaltens auf Grund des logischen Denkens heben den Gebildeten zweifellos aus der Masse heraus, die, zwischen Mut, Verzagtheit und unbegreiflichem Leichtsinn schwankend, die Nervenkraft ganz unwirtschaftlich vergeudet.“ (Zit. nach Otto von Taube: Vorwort, in: Merton: Gedanken über Grundprobleme d. Erkenntnistheorie 1916, S. VIII.) Am 30.10.1914 organisierte M. einen Angriff auf den Ort Le Quesnoy nahe der niederländischen Grenze und kam dabei im Alter von 27 Jahren ums Leben.
Familiengrab auf dem Ffter Hauptfriedhof (Gewann II GG 10-11) mit Gedenkinschrift für M.
Zum Andenken an ihren gefallenen Sohn stifteten Wilhelm und Emma M. 1916 das „Adolf Merton-Institut“ mit dem ordentlichen Lehrstuhl für Pädagogik an der Ffter Universität. Die Leitung übertrug das Ehepaar dem Ffter Pädagogen und Kommunalpolitiker Julius Ziehen. Im Jahr 1941 gliederten die Nationalsozialisten das Institut samt Vermögen zwangsweise der neu gegründeten Ffter Universitätsstiftung an.